Он пробыл в миссионерском доме всего лишь год. В марте 1879 г. св. Иосиф вместе с Иоганном Баттистом фон Анцером отправляется в Китай, который и стал его новым домом.

В самом начале миссионерского пути его ждали разочарование и одиночество. В Китае христиан было очень мало, они были разбросаны по огромной территории страны, и часто можно было услышать в адрес миссионера слова: «Заморский дьявол!» Молодой священник провел многие часы в думах и размышлениях, плодом которых стал план на всю последующую жизнь: «…нужно преобразиться внутренне - изучить китайский образ мышления, китайские привычки и обычаи, китайский национальный характер и бытовой уклад. И всего этого невозможно достичь за один день, и даже за год, и все это будет довольно болезненно». Св. Иосиф пытался стать похожим на китайца не только внешне, но и внутренне. Благодаря такому настрою, изучению китайского языка и культуры, своим путешествиям от одного поселения до другого он начал любить этот народ. Из совершенно чужых и непонятных ему людей они стали «его любимыми китайцами». Несмотря на многочисленные обманы с их стороны, «Фу Шенфу», «Счастливый священник», продолжал их любить и доверять им, что вызывало огромное удивление у других миссионеров. После принесения вечных обетов в 1886 г. св. Иосиф писал в своем дневнике: «Вся твоя жизнь - твоим любимым китайцам, а позже на закате жизни, когда ты окажешься на смертном ложе, ты уснешь, окруженный твоими дорогими китайцами».

Эта любовь всегда была деятельной, пусть временами св. Иосиф и действовал во вред себе. Во время восстания боксеров была объявлена эвакуация, но св. Иосиф, являвшийся на тот момент генеральным викарием, был очень обеспокоен судьбой приходивших в миссионерский дом в Пуоли людей. Собратья смогли уговорить его поехать с ними, но отъехав на 20 км, Фу Шенфу вернулся обратно. Он был готов умереть за своих китайцев, но не стал мучеником, в отличие от других миссионеров. После смерти епископа Иоганна Баттиста фон Анцера св. Иосиф не смог занять его кафедру. Немецкие власти были настроены против него. Причиной этого во многом были его слова о несправедливости по отношению к китайскому населению со стороны оккупационных войск, а также о незаконности всей оккупации. Об этом он сказал самому принцу Генриху Прусскому, брату кайзера.

Св. Иосиф много заботился о катехизаторах, в которых он видел своих главных помощников в деле возвещения Благой Вести. Они часто добивались бóльших успехов, чем миссионеры. Специально для них св. Иосиф написал «Правила для катехизаторов» на китайском и латинском языках. Кроме того, он выступал за равенство китайских и европейских священников: китайцам также должны быть открыты все церковные должности. Св. Иосиф просил св. Арнольда о вступлении в конгрегацию китайцев. Основатель долго сомневался, но еще дольше сомневался Ватикан. Только в 1946 г. папа Пий XII возвел в сан кардинала первого китайца - Томаса Тьена, вербиста, еще знавшего Фрайнадемеца.

Св. Иосиф умер 28 января 1908 года от тифа. Всей своей жизнью он являл пример священника, любящего и понимающего народ, к которому его послал Господь. Несмотря на все тяготы жизни в Китае и непонимание другой культуры, он старался любить ее изо всех сил, и кажется, что он достиг своей цели. Провожая его в последний путь, христиане Китая со скорбью говорили: «Мы чувствуем себя так, будто потеряли и отца, и мать».